Black, s. 28.. W grudniu 1551 Juliusz III mianował trzech komisarzy Inkwizycji Rzymskiej dla Toskanii, którymi zostali: benedyktyn Isidoro da Montauto, wikariusz arcybiskupa Florencji Nicolò Duranti oraz prepozyt florencki Alessandro Strozzi. Ponadto kardynałowie inkwizytorzy stopniowo zaczęli przejmować od władz zakonnych uprawnienia do mianowania inkwizytorów lokalnych trybunałów we WłoszechBlack, s. 20–21..
Kongregacja Inkwizycji Rzymskiej rychło zdobyła silną pozycję wewnątrz Kurii Rzymskiej. Podczas konklawe 1549–1550 kardynał Carafa używał zebranych w toku dochodzeń informacji w celu podważenia ortodoksji jednego z głównych kandydatów, Anglika Reginalda Pole’aPastor, vol. XIII, s. 18; Bethencourt, s. 22, 136; Del Col, s. 293.. Podczas pontyfikatu wybranego wówczas papieża Juliusza III (1550–1555) często dochodziło do sporów między papieżem a Carafą i innymi kardynałami inkwizytorami. Juliusz III był zwolennikiem łagodnego podejścia do heretyków i przynajmniej w kilku przypadkach interweniował na korzyść oskarżonych. W 1550 ogłosił bardzo istotną regulację, umożliwiającą skruszonym heretykom uzyskanie od inkwizytorów rozgrzeszenia prywatnie (in foro interno), bez konieczności publicznego (in foro externo) wyrzekania się herezji (abiuracji) i związanych z tym upokorzeńBlack, s. 22–23, 61–62; Del Col, s.