zob. . Papież ten wydał kilka dekretów nakazujących sprawców określonych występków (np. unitarianizm, profanacja eucharystii, celebrowanie mszy bez święceń kapłańskich) karać śmiercią nawet, gdyby okazali skruchę i nie byli recydywistami. Rozszerzył także kompetencje inkwizytorów na występki nie podlegające dotąd ich jurysdykcji (np. symonia)Decker, s. 87–90, 185; Del Col, s. 396–398, 406–407; Pastor, vol. XIV, s. 259 i nast.. W 1559 ogłosił pierwszy oficjalny Indeks ksiąg zakazanych Kościoła katolickiego. W grudniu 1558 mianował kardynała Michele Ghislieriego wielkim inkwizytorem, zastrzegając, że jego mandat nie wygasa ze śmiercią papieża.
Śledztwa za pontyfikatu Pawła IV objęły nawet kardynałów. Na jego polecenie uwięziony został kardynał Giovanni Girolamo Morone. Papież polecił także wszczęcie śledztwa przeciwko kardynałowi Reginaldowi Pole i to w czasie, gdy ten był legatem w Anglii i wspierał dzieło rekatolicyzacji tego kraju. Przedwczesna śmierć uchroniła jednak Pole’a przed aresztowaniem. Oskarżonych o herezję zostało także kilku biskupów, m.in. Andrea Centanni z Limassol, Vittore Soranzo z Bergamo czy Giovanni Tommaso Sanfelice z Cava de’ Tirreni. 15 lutego 1559 Paweł IV wydał bullę Cum ex apostolatus officio, w której stwierdził, że wybór heretyka na Stolicę Piotrową jest nieważny z mocy prawaDel Col, s.