Na wykazie najważniejszych świątyń, który został stworzony podczas panowania Yoshimitsu (1358–1408), Shōkoku-ji znalazła się na drugim miejscu w Kioto. Za najważniejszą świątynię w Japonii była uważana Nanzen-ji, która pełniła rolę nadrzędną nad wybranymi pięcioma klasztorami Kioto i KamakuryHeinrich Dumoulin. Zen Buddhism: a History. Japan. Str. 151.
Lista ta wykazywała potęgę linii przekazu mistrza Sosekiego Musō, gdyż na pierwszym miejscu, jako nadrzędna nad Shōkoku-ji, była świątynia Tenryū-ji, prowadzona także przez jego uczniówPo śmierci Musō, Tenryū-ji była prowadzona przez Mukyoku Shigena (1282–1359). Natomiast pierwszym opatemZe względu na wielki szacunek dla Musō, Shigen jest uważany za drugiego opata Shōkoku-ji został Shun’oku Myōha (1311-1388), bratanek i najbliższy uczeń MusōHeinrich Dumoulin. Zen Buddhism: a History. Japan. Str. 168.
W 1392 roku Yoshimitsu wyznaczył Zekkai Chūshina (1336–1405), najmłodszego z głównych uczniów Musō, opatem Shōkoku-ji. Zekkai dwukrotnie rezygnował ze stanowiska opata, jednak natychmiast był na nie przywracany. Pełnił on także najwyższą funkcję w systemie gozan, sōroku. Główną siedzibą sōroku była świątynia Rokuon-in, która należała do kompleksu Shōkoku-ji.