W pierwszej połowie XVII wieku inkwizycja mantuańska była zaangażowana w represje wobec lokalnej społeczności żydowskiejDel Col, s. 429-430, 581..
W 1708 dynastia Gonzaga wygasła i w rezultacie księstwo mantuańskie przeszło pod władzę Habsburgów austriackich. W 1769 rząd austriacki odebrał inkwizycji mantuańskiej uprawnienia w zakresie cenzury publikacji. W kwietniu 1782 cesarz Józef II Habsburg definitywnie zniósł trybunał inkwizycyjny w Mantui, a kilka miesięcy później na jego rozkaz spalono archiwum tego trybunałuBerzaghi, s. 1-2..
Organizacja Siedziba trybunału znajdowała się w dominikańskim konwencie S. Domenico w Mantui. Inkwizytorem był zawsze dominikanin z prowincji zakonnej Obojga Lombardii. Miał on do pomocy licznych wikariuszy oraz świeckie Bractwo Świętego Krzyża, udzielające wsparcia materialnego inkwizytorowi. W wewnętrznej hierarchii zakonu dominikańskiego trybunał w Mantui zaliczany był do trybunałów drugiej (pośredniej) klasy.