Po wybuchu II wojny światowej w okresie okupacji niemieckiej nadal przebywał i pracował w Krakowie; został żołnierzem w Związku Walki Zbrojnej, a po przekształceniu także w Armię Krajową. Działał pod pseudonimem „Zdrowie” w Zgrupowaniu „Żelbet”, w tym czasie pełnił służbę jako lekarz dla rannych i chorych żołnierzy oraz ich rodzin, szkolił grupy sanitarne w województwie krakowskim i kieleckim. Po zakończeniu wojny pracował w Cieszynie (dyrektor szpitala na Zaolziu), Ząbkowicach Śląskich, Nowym Sączu, Dzierżoniowie i Krakowie. W 1948 został dyrektorem Szpitala Powiatowego przy ul. Stanisława Konarskiego w Sanoku (jego poprzednikiem był Stanisław Domański). Pełniąc tę funkcję rozwijał działania remontowe budynku, zaopatrzenie w sprzęt (w tym aparat rentgenowski), a także tworzył plan dalszego rozwoju placówki mieście. Organizował tworzenie lecznictwa otwartego, angażował się w sprowadzanie personelu medycznego na tereny okoliczne. Był inicjatorem powstania nowej siedziby sanockiego szpitala przy ulicy 800-lecia 26 w Sanoku, zawiązał Społeczny Komitet Szpitalny. Budowa trwała od 1954 do 1964. W nowej siedzibie pozostawał dyrektorem Szpitala Powiatowego. W nowej siedzibie szpitala Jan Zigmund został także ordynatorem oddziału chirurgicznego od 1955 do 1970.