Co więcej, porównanie z zachowanym inwentarzem archiwalnym sporządzonym w 1645 przez inkwizytora Giacomo Cima da Sezze wskazuje, że spora część tego archiwum została najpewniej bezpowrotnie zniszczona.
Zbiór archiwalny Tribunale dell'Inquisizione di Firenze w Archiwum Arcybiskupim we Florencji, czyli właściwe archiwum florenckiego trybunału, zawiera obecnie 61 tomów akt. Poza tym cztery tomy znajdują się w Archives Générales du Royaume w Brukseli, gdzie trafiły w 1878; Seidel Menchi, s. 81..
Archiwum inkwizycji florenckiej podzielone jest na dziesięć serii. Najistotniejsza z nich, seria procesów kryminalnych (Processi), liczy zaledwie 5 tomów akt procesowych, z czego cztery zawierają akta 86 procesów z lat 1578–1600, a jeden zawiera akta 35 procesów z lat 1614–1620. Dla porównania, wiadomo, że w 1645 seria ta liczyła aż 37 tomów. Akta kilkunastu innych procesów z XVII i XVIII wieku znajdują się w odrębnej serii Processi vari („procesy różne”).