Islamski Front Działań nadal deklarował się jako partia umiarkowana, solidaryzował się jednak z islamistycznymi organizacjami terrorystycznymi, które w latach 1999-2000 rząd zaczął zdecydowanie zwalczać; partia twierdziła, że organizacje takie rozwijają się w Jordanii z powodu proizraelskiej i prozachodniej polityki zagranicznej króla i rządu.
W wyborach parlamentarnych w 2003 Islamski Front Działań wziął udział i wprowadził do Izby Deputowanych dwunastu przedstawicieli; mandaty zdobyło również pięciu islamistów niezależnych. Był to kolejny dowód spadku znaczenia partii na arenie politycznej. Równocześnie zmarginalizowany przez króla Abd Allaha II został cały parlament, czemu sprzyjało jego silne rozdrobnienie (większość deputowanych startowała jako niezależni, reprezentowała wiejskie elity pochodzenia plemiennego lub wpływowe rody miejskie, brakowało wyrazistych opcji ideologicznych). Kolejne wybory parlamentarne również nie przyniosły Islamskiemu Frontowi Działań sukcesu;