14 grudnia uruchomiono drugą część systemu Małopolskiej Karty Aglomeracyjnej – kartę zbliżeniową, jej funkcję są takie same jak aplikacji mobilnej.
27 stycznia 2016 PKP PLK podpisało z konsorcjum firm Vias y Construcciones, Dragados i Electren umowę na modernizację linii kolejowej nr 133 na odcinku Krzeszowice – Kraków Mydlniki, a 16 listopada 2016 z Torpolem na odcinek Kraków Mydlniki – Kraków Towarowy. 11 grudnia, wraz z wejściem w życie nowego rozkładu jazdy Koleje Małopolskie wspólnie z Przewozami Regionalnymi uruchomiły trzecią linię SKA: Kraków Główny – Tarnów (linia wcześniej obsługiwana była przez PR samodzielnie). Równocześnie obsługę linii Kraków – Sędziszów przejęły z powrotem Przewozy Regionalne.
18 kwietnia 2017 PKP PLK podpisało z konsorcjum firm Strabag i Krakowskie Zakłady Automatyki umowę na modernizację linii nr 133 na odcinku Kraków Towarowy – Kraków Główny oraz linii nr 91 na odcinku Kraków Główny – Podłęże. W ramach modernizacji linii nr 91 zaplanowano m.in. dobudowę 2 przystanków (Kraków Grzegórzki i Kraków Złocień) i 2 dodatkowych torów. 26 czerwca PKP PLK podpisały umowę na remont linii nr 94 na odcinku Kraków Płaszów – Podbory Skawińskie wraz z budową 2 nowych przystanków: Kraków Opatkowice i Skawina Jagielnia.