Nowy trybunał bardzo szybko zajął się prześladowaniem ortodoksyjnych żydów w Modenie. Wyznawcy judaizmu, jako ludzie nieochrzczeni, byli co do zasady wyłączeni spod jurysdykcji inkwizycji, jednak inkwizytor Arcangelo Calbetti (1600–1607) sformułował zarzuty pozwalające na ominięcie tego immunitetu. Zarzucił miejscowym żydom nielegalne wznoszenie synagog, posiadanie ksiąg znajdujących się na Indeksie ksiąg zakazanych, odciąganie innych żydów od przyjęcia chrztu i nielegalne kontakty z chrześcijanami. Zapadły bardzo surowe wyroki (wygnania, galery, więzienie), które jednak rychło zamieniono na kary pieniężne. Wskazuje to, że prześladowania żydów mogły mieć podłoże ekonomiczne, gdyż trybunał modeński należał do słabo uposażonych i nie mógł liczyć na istotne wsparcie finansowe od księcia, a grzywny nakładane na żydów przeznaczone zostały na sfinansowanie budowy siedziby trybunału. Nadużycia inkwizycji wobec żydów były przedmiotem licznych skarg do Stolicy Apostolskiej. Ostatecznie w 1638 w Modenie utworzono getto, co znacznie ograniczyło możliwość wytaczania żydom procesów przez inkwizycję.