Gdy w 1187 roku Saladyn podbił większość Palestyny, tutejszy kościół został przekształcony w meczet. Tutejszy meczet i miejsce pochówku proroka Samuela było celem tradycyjnych pielgrzymek żydowskich, które docierały do Nabi Samuil w kwietniu i maju każdego roku. W ten sposób Nabi Samuil rozwijało się jako coraz ważniejszy ośrodek kultu religijnego muzułmańsko-judaistycznego. W XV wieku Żydzi wybudowali własną synagogę w sąsiedztwie meczetu. Chociaż od czasu do czasu napotykali na trudności w odwiedzaniu sanktuarium, to władze osmańskie nakazały karać każdego, kto uniemożliwia lub utrudnia żydowską pielgrzymkę do Nabi Samuil. W XVIII wieku z wioski wygnano Żydów, zakazując im nawet modlenia się przy grobie proroka. Wejście do grobowca zostało wówczas zamknięte, a na miejscu zamku krzyżowców wzniesiono duży meczet z wieżą minaretu. Z czasem zezwolono nielicznym Żydom, po uiszczeniu stosownej opłaty, odwiedzać miejsce i modlić się. Podczas I wojny światowej w 1917 roku wioska została poważnie zniszczona od ognia tureckiej artylerii. W 1921 roku wioska została odbudowana, a osmański meczet przywrócony społeczności muzułmańskiej.