11 grudnia 1989 znalazł się w gronie 13 intelektualistów, którzy powołali Partię Demokratyczną, nawiązującą do przedwojennego ugrupowania. Po jej formalnym zarejestrowaniu Zoran Đinđić w 1990 objął funkcję przewodniczącego komitetu wykonawczego. W trzech pierwszych wielopartyjnych wyborach w pierwszej połowie lat 90. uzyskiwał mandat deputowanego. W 1994 zastąpił Dragoljuba Mićunovicia na stanowisku przewodniczącego Partii Demokratycznej.
Stał się wówczas jednym z głównym opozycjonistów wobec rządów postkomunistów Slobodana Miloševicia. W 1996 kierowana przez niego DS w koalicji z Demokratyczną Partią Serbii (DSS) Vojislava Koštunicy i innymi opozycyjnymi formacjami zwyciężyła w wyborach lokalnych w kilku większych miastach Serbii. Władza odmawiała uznania wyników wyborów, co doprowadziło do masowych skutecznych protestów. Zoran Đinđić w lutym 1997 objął urząd burmistrza Belgradu. W tym samym roku jego DS i DSS zbojkotowały wybory parlamentarne. Doszło jednocześnie do sporów w opozycji, dotychczasowy sojusznik Serbski Ruch Odnowy wsparł we wrześniu 1997 odwołanie Zorana Đinđicia z urzędu burmistrza.