thumb|240px|BOZPN - Zespoły występujące w III lidze (gr.II) w sezonie 1978/79 Jagiellonia Białystok przystąpiła do rozgrywek II grupy III ligi makroregionalnej (OZPN: Warszawa, Białystok, Łomża, Suwałki, Ostrołęka, Ciechanów, Olsztyn). III liga składała się z 8 grup, zespoły z 1 miejsc awansowały do 2 II Ligi (2 grupy).
III poziom rozgrywkowy Sezon zaczął się od zmiany szkoleniowca, już po 1 kolejce został zwolniony Grzegorz Bielatowicz, a jego miejsce zajął po raz drugi Zbigniew Bania. Jagiellonii nie udało się powrócić do II ligi, przed sezonem odeszło kilku podstawowych zawodników i ostatecznie drużyna zajęła 4. miejsce.
Bardzo dobry występ zaliczyła drużyna juniorów na Mistrzostwach Polski juniorów młodszych (Ogólnopolska Spartakiada Młodzieży), w starciach makroregionalnych była 1, a w ogólnopolskich 16.
Mecz towarzyski Jagiellonia : Odra Opole(I liga) 1:1 (bramka dla Jagiellonii - Cieślik)
W rozgrywkach Pucharu Polski finał regionalny, Jagiellonia przegrała z białostocką Gwardią 4:2 (karne).