thumb|300px|Publiczna egzekucja polskich księży i cywilów w Bydgoszczy 9 września 1939 roku po tzw. Krwawej niedzieli. Prześladowanie polskiego Kościoła katolickiego w czasie okupacji niemieckiej – zamierzone, czynne i ustawiczne działania okupantów niemieckich od 1 września 1939 na ziemiach polskich, mające na celu fizyczną eksterminację Kościoła katolickiego, zarówno duchowieństwa, jak i wiernych świeckich. Działania te przebiegały w ramach programu Intelligenzaktion, którego celem było wyniszczenie polskich elit na ziemiach włączonych do III Rzeszy.
Kościół katolicki w Polsce, uważany za część elit inteligencji polskiej, był brutalnie prześladowany przez nazistów podczas niemieckiej okupacji w latach 1939–1945. Represje były najdotkliwsze na terenach zaanektowanych przez nazistowskie Niemcy, gdzie świątynie były systematycznie zamykane, a większość kleru zamordowana, uwięziona lub deportowana. Z całego terenu przedwojennej Polski co najmniej 1811 duchownych, zarówno diecezjalnych, jak i zakonnych, zginęło w niemieckich obozach koncentracyjnych. Szacuje się, iż 3000 prezbiterów polskich zostało zabitych w czasie II wojny światowej. Setki kościołów i klasztorów zostało skonfiskowanych, zamkniętych lub zdewastowanych. W tym okresie bezpowrotnie zaginęły dzieła sztuki sakralnej.