Podział terytorium polskiego Wojskowa kontrola nad terenami zajętego państwa polskiego trwała do 25 października 1939. Następnie Rzesza wchłonęła terytoria bezpośrednio przylegające do Niemiec przed wojną: Prusy Zachodnie, Poznań, Górny Śląsk i Wolne Miasto Gdańsk. Na pozostałym terytorium zagarniętej Polski utworzono Generalne Gubernatorstwo, państwo policyjne, nad którym kontrolę sprawowało SS. Generalnym gubernatorem był Hans Frank. Generalne Gubernatorstwo, jak napisał Davies, stało się „bezprawnym laboratorium nazistowskiej ideologii rasistowskiej”. W Generalnym Gubernatorstwie sytuacja Kościoła była lepsza niż na terenach wcielonych do Rzeszy.
Prześladowania upright|thumb|Św. Maksymilian Kolbe aresztowany pierwszy raz 19 września 1939. Nazistowski terror był dużo bardziej dotkliwy i długotrwały w Polsce niż w jakimkolwiek innym kraju europejskim. Po inwazji w 1939 w życie weszły prawa skazujące na zagładę polskich Żydów oraz prześladowanie z zagładą włącznie elit polskich, nie wyłączając przywódców religijnych. Specjalne jednostki SS zajmowały się wyłapywaniem tych Polaków, którzy mogli być podejrzewani o stawianie oporu: duchownych, urzędników i rzemieślników.