W sierpniu 2004 roku został dyrektorem Harvard-Smithsonian Center for Astrophysics, gdzie zarządza budżetem federalnym wysokości 111 milionów dolarów i kieruje pracą ponad 540 osób zatrudnionych w Smithsonian Astrophysical Observatory i 130 pracowników Harvard College Observatory.
Zainteresowania Alcock interesuje się masywnymi zwartymi obiektami w halo, kometami i planetoidami. Jest autorem znaczących prac opisujących rolę ciemnej materii w halo Drogi Mlecznej. Jest również szefem projektu (principal investigator) Taiwanese-American Occultation Survey mającego na celu określenie wielkości populacji obiektów znajdujących się w pasie Kuipera.
Nagrody i członkostwa Alfred P. Sloan Research Fellowship, 1983 R&D 100 Award, 1993 E.O. Lawrence Award for Physics, 1996 University of California Regents’ Lecturer, 1998–1999 Beatrice M. Tinsley Prize, 2000
Charles R. Alcock w 2001 roku został członkiem National Academy of Sciences. W 2006 roku został członkiem American Academy of Arts and Sciences.
Życie prywatne Charles R. Alcock w latach 70.