W tym ujęciu FMT jest częścią MTT, natomiast MTT odnosi się do schematu postępowania okołozabiegowego – szerszego niż pojedyncza procedura przeniesienia zawiesiny kału.
Określenie MTT jest nazwą schematu terapii klinicznej opisanego w konkretnych badaniach (m.in. w pracach i in.) i nie stanowi jednolicie ustandaryzowanego terminu w wytycznych dotyczących FMT jako procedury medycznej. W dokumentach przeglądowych i regulacyjnych częściej stosuje się ujęcia typu „terapie oparte na mikrobiocie” lub „FMT” jako nazwy procedury, a zastosowania pozainfekcyjne są zwykle traktowane jako eksperymentalne.
Zastosowania kliniczne Przeszczep mikrobioty jelitowej jest stosowany przy leczeniu nawrotowego zakażenia wywołanego przez bakterię Clostridioides difficile (CDI), które może przebiegać m.in. pod postacią biegunki lub rzekomobłoniastego zapalenia jelit. W rekomendacjach z 2018 r. wskazano, że FMT jest coraz częściej stosowane u pacjentów z nawrotami zakażenia C. difficile i powinno być rozważane u chorych z co najmniej trzecim nawrotem choroby. W innych dokumentach przeglądowych i wytycznych klinicznych próg kwalifikacji bywa formułowany inaczej (np. jako drugi lub kolejny nawrót CDI). Opisano również metaanalizy, w których skuteczność (ustąpienie objawów zakażenia) po FMT w leczeniu nawrotowego zakażenia C.