Po wybuchu II wojny światowej i agresji ZSRR na Polskę z 17 września 1939 został aresztowany przez funkcjonariuszy NKWD. Miał być przetrzymywany i torturowany w więzieniach lwowskich. Prawdopodobnie na Zamarstynowie na wiosnę 1940 został zamordowany przez NKWD. Jego nazwisko znalazło się na tzw. Ukraińskiej Liście Katyńskiej opublikowanej w 1994 (został wymieniony na liście wywózkowej 71/1-18 oznaczony numerem 2379; jego tożsamość została podana jako Gwidon Poten). Ofiary tej zbrodni zostały pochowane na otwartym w 2012 Polskim Cmentarzu Wojennym w Kijowie-Bykowni.
Czterej pułkownicy kawalerii w stanie spoczynku z Oficerskiej Kadry Okręgowej nr VI w 1934 wymienieni jako oficerowie przewidziani do użycia w czasie wojny, tj. Stefan Cieński, Rudolf Lang, Wawrzyniec Łobaczewski, Gwido Poten, zostali zamordowani w 1940 i widnieją na tzw. Ukraińskiej Liście Katyńskiej.