przyjęto kontrowersyjne zmiany w ustawie o oświacie, które zdaniem organizacji polskich działających na Litwie ograniczają prawo mniejszości narodowych do pobierania nauki w języku ojczystym. Wydarzenia te stanowiły impuls dla powstania EFHR.
Fundacja udziela bezpłatnych porad prawnych wszystkim osobom, które stały się ofiarą dyskryminacji, przejawów nietolerancji lub uważają, że naruszono ich prawa człowieka. Najwięcej uwagi poświęca sprawom dotyczącym oryginalnej pisowni imion i nazwisk, a także podejmuje działania przeciwko dyskryminacyjnym ofertom pracy. Prowadzi też warsztaty i szkolenia edukacyjne z zakresu ochrony praw człowieka skierowane w szczególności do uczniów szkół z polskim językiem wykładowym. EFHR monitoruje także media i Internet w poszukiwaniu wypowiedzi i komentarzy nawołujących do nienawiści i kieruje wnioski do organów ścigania w celu ukarania autorów takich wypowiedzi.
Dzięki staraniom Europejskiej Fundacji Praw Człowieka z raportu "Freedom in the World 2013" przygotowanego przez organizację Freedom House w części dotyczącej Litwy usunięto stwierdzenie, że prawa mniejszości etnicznych na Litwie są prawnie chronione. W wyniku zabiegów EFHR tekst zmieniono na "Dyskryminacja mniejszości etnicznych, które stanowią 16% populacji, pozostaje problemem, szczególnie wśród małej romskiej populacji".