30 września w Starej Woli został aresztowany przez Sowietów w trakcie próby przekroczenia granicy z WęgramiInne źródło podało, jakoby Stanisław Hejnich poniósł śmierć 27 września 1939 w lasach Rajtarowice.. Był przetrzymywany w Samborze. Został zamordowany przez NKWD prawdopodobnie wiosną 1940. Jego nazwisko znalazło się na tzw. Ukraińskiej Liście Katyńskiej opublikowanej w 1994 (został wymieniony na liście wywózkowej 56/3-86 oznaczony numerem 3100, jego tożsamość została podana jako Stanisław Chejnik). Ofiary z tej części zbrodni katyńskiej zostały pochowane na otwartym w 2012 Polskim Cmentarzu Wojennym w Kijowie-Bykowni.

Był żonaty, miał syna Tadeusza (ur. 24 grudnia 1922).

Ordery i odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Wojskowego Virtuti Militari nr 2818 – 1921 Krzyż Walecznych dwukrotnie Złoty Krzyż Zasługi Srebrny Krzyż Zasługi – 2 września 1929 „za zasługi w służbie granicznej”M.P. z 1929 r. nr 216, poz.