W 1945 powrócił do Warszawy i zajął się odbudową uczelni. W maju 1945 odbyło się pierwsze posiedzenie Senatu Politechniki Warszawskiej, została powołana na nim m.in. Komisja Odbudowy Uczelni, której przewodniczącym został E. Warchałowski. Jednocześnie dzięki jego zaangażowaniu powstała pierwsza w Polsce naukowa placówka geodezyjna, pod nazwą Geodezyjny Instytut Naukowo-Badawczy (późniejszy Instytut Geodezji i Kartografii). E. Warchałowski był jego dyrektorem latach 1945–1949. W latach 1945−1952 po raz drugi pełnił funkcję rektora Politechniki Warszawskiej. Współorganizował również Wydział Geodezji Górniczej w Akademii Górniczo-Hutniczej w Krakowie. W 1953 za wkład w rozwój naukowy kadry tej uczelni, otrzymał godność doktora honoris causaC. Kamela, Pierwszy V-Przewodniczący Polskiego Towarzystwa Fotogrametrycznego, Prof. Edward Warchałowski 1885–1953.. W latach 1949–1951 pełnił funkcję prezesa Głównego Urzędu Pomiarów Kraju. Gdy w marcu 1948 powstał w Warszawie Narodowy Komitet International Students Service (ISS z siedzibą w Genewie), został jego przewodniczącym (skarbnikiem – prof. S. Ossowski). Głównym zadaniem ISS była pomoc materialna i naukowa pracownikom naukowym i studentom.

Był związany ze Stronnictwem Demokratycznym