Mozaika z V w. Mozaika w apsydzie została wykonana za pontyfikatu papieża Innocentego I. Na mozaice Chrystus trzyma księgę z napisem: Dominus Servator Ecclesiae Pudentianae (łac. Pan zachował kościół Pudencji). Jest to nawiązanie do faktu, że bazylika nie ucierpiała w czasie najazdu Wizygotów pod wodzą Alaryka w 410. Głównym motywem mozaiki jest panowanie Chrystusa nad Państwem Bożym, co wpisywało się w głoszoną przez Kościół po soborach w Nicei i Konstantynopolu doktrynę chrystologiczną o prawdziwym bóstwie i prawdziwym człowieczeństwie Zbawiciela. Niezniszczalność Kościoła, zaprezentowana na mozaice jako dominacja Pana i stabilność jego władzy, przedstawiona została w wywodzie doktrynalnym w Państwie Bożym napisanym przez Augustyna z Hippony kilka lat później. Mozaika z Bazyliki św. Pudencjany w Rzymie stała się modelem dla następnych mozaik bizantyjskich z VIII-IX wieku, przedstawiających Chrystusa jako Pantokratora.