Po wyjściu Zakonu św. Jana z Malty w 1798 kościół służył duchowym potrzebom lokalnej ludności. Gruntownie odnowiony w 1864. W 1866 Mons. Francesco Spiteri Agius (1824-1887) założył w kościele Instituto Catechistico – instytut nauczania doktryny chrześcijańskiej dla dziewcząt. Ostatecznie w 1893 świątynia została udostępniona Siostrom Franciszkankom, które prowadziły tutaj małą szkołę, a 1 listopada 2007 została przekazana pod nadzór Heritage Malta w celu udostępnienia zwiedzającym. W latach 1989–1991 w ramach Valletta Rehabilitation Project przeprowadzono szeroko zakrojony program renowacji wnętrza. Na prace wydano 30 000 MTL. Kościół został ponownie udostępniony 8 grudnia 1991.
W czasie siedmiu miesięcy 2018 firma AX Construction przeprowadziła renowację fasady kościoła, jego bocznych elewacji, wewnętrznej części nawy głównej, oraz wnętrza i elementów zewnętrznych kopuły.
W październiku 2020, w ramach projektu wartego 700 000 euro i obejmującego również bazylikę Karmelitów i kościół św. Augustyna, ukończono instalowanie i uruchomiono nowoczesne oświetlenie kopuły kościoła Matki Bożej z Pilar.