Carapecchia zaprojektował wnętrze z kwadratową nawą przy wejściu i sklepieniem kolebkowym z bocznymi oknami, która to nawa dalej otwiera się w ośmiokątną scentralizowaną przestrzeń z wysoką kopułą nad nią, by następnie zwęzić się w prostokątne prezbiterium przechodzące w półokrągłą apsydę z ołtarzem. Za tym ulokowana jest zakrystia, oraz korytarz, który prowadzi do niej wzdłuż bocznej elewacji od drzwi na lewo od fasady, pomiędzy tylną ścianą zajazdu Aragońskiego i kościołem. Prosta kopuła na wysokim bębnie spoczywa na ośmioboku, i w założeniu nie miała być widoczna z zewnątrz, mała szerokość ulicy przed kościołem to uniemożliwia. Wnętrze jest ozdobione wspaniałymi rzeźbami, ale reredos za ołtarzem przewyższa wszystko. Po każdej stronie tego ostatniego znajduje się cokół z parą kolumn w stylu kompozytowym, które u dołu mają grupy aniołów, zaś pomiędzy kolumnami stoją posągi św. Jana Chrzciciela i św. Jakuba. Belkowanie na szczycie kolumn jest wypełnione rzeźbami, a pośrodku dwa anioły trzymają owalną ramę z obrazem Ojca Przedwiecznego. Po bokach znajdują się dwa naczółki, powyżej zaś koncha apsydy wypełniona aniołkami i kwiatową rzeźbą. Wszystko to jest pozłocone. Po bokach chóru kapłańskiego dwoje drzwi, a w bocznych wnękach pod kopułą dwa boczne ołtarze wzniesione w 1915 i 1920 przez ówczesnego rektora kościoła mons.