W 1999 roku poślubił Kathleen Hennessy, z którą miał syna Williama. W roku 2001 założył wraz z małżonką i saksofonistą Mikiem McGinnisem wytwórnię płytową RKM Music. Pod jej szyldem ukazały się nagrania rozmaitych wykonawców, pośród których wymienić można Ralpha Alessiego, Robina Eubanksa, Davida Gilmore’a, Grahama Haynesa, Luisa Perdomo i in. Obok wspierania innych muzyków i prowadzenia działalności wydawniczej zajmował się także produkcją muzyczną, dla przykładu był producentem Translinear Light, wydanego w 2004 roku nakładem Verve Records ostatniego albumu studyjnego Alice Coltrane, na którym dodatkowo zagrał na saksofonie tenorowym i altowym oraz na instrumentach perkusyjnych.
W roku 2008 stał się członkiem septetu The Blue Note 7, utworzonego w hołdzie dla wytwórni Blue Note Records, obchodzącej swoje siedemdziesięciolecie. W tym samym roku ansambl wykonał utwory, które trafiły na wydany w 2009 album Mosaic: A Celebration of Blue Note Records. Ponadto Coltrane jest współliderem projektu Saxophone Summit, którym kierują wraz z nim Joe Lovano i Dave Liebman.
W 2009 roku ukazał się Blending Times, drugi album zarejestrowany dla wytwórni Savoy Jazz, zaś w 2012 Spirit Fiction, pierwsza płyta, jaką pod swoim nazwiskiem nagrał dla Blue Note.