Prawdopodobną przyczyną śmierci był atak serca; wykluczono zarówno samobójstwo, jak i udział osób trzecich.
Upamiętnienie W 2016 przed kompleksem gmachów sądowych we Frankfurcie nad Menem stanął obelisk ku czci Fritza Bauera z upamiętniającą go tablicą.
11 stycznia 1995 powołano we Frankfurcie Instytut Fritza Bauera, od roku 2000 afiliowany przy tamtejszym Uniwersytecie Johanna Wolfganga Goethego.
Upamiętniono go również wystawą w , czynną od kwietnia do września 2014, a następnie przeniesioną do Parlamentu Krajowego Turyngii na czas od grudnia 2014 do lutego 2015. Jego imieniem nazwano liczne ulice i obiekty wymiaru sprawiedliwości.
Życie Fritza Bauera stało się tematem czterech filmów dokumentalnych i fabularnych, między innymi Fritz Bauer kontra państwo (2015) i Im Labyrinth des Schweigen (Labirynt kłamstw z 2014).
Jego postać przewija się w dotyczącej drugiego procesu oświęcimskiego powieści pt. W niemieckim domu (tytuł oryginału: Deutsches Haus), wydanej w Polsce w 2019 nakładem Wydawnictwa Literackiego.