Istnieje jednak twierdzenie, że nie była to żadna izba, tylko trzeci dziedziniec wewnętrzny. W IV wieku, owo centralne pomieszczenie zostało przebudowane i wyraźnie oddzielone od pozostałej części zabudowań. Nowy budynek posiadał kształt trapezu, którego zachodnia podstawa miała długość 27 metrów, a wschodnia podstawa 30 metrów. Wysokość ścian wynosiła 2,3 metra, a cały budynek posiadał dwa otwory okienne - po stronie południowo-zachodniej i północno-wschodniej. Wnętrze było podzielone na dwa pomieszczenia, które z wyglądu przypominało budowę Świątyni Jerozolimskiej. Z dwóch stron z czasem dobudowano dodatkowe pomieszczenia, a jedyne dwa wyjścia zlokalizowane było w północnej i w południowej części. Najprawdopodobniej w taki sposób „dom księcia apostołów przekształcono w kościół”, o czym opowiadała Egeria w Itinerarium. Ten pierwszy kościół mógł powstać przy udziale chrześcijanina, bogatego Żyda Józefa z Tyberiady, który otrzymał od cesarza Konstantyna upoważnienie do budowy kościoła w Kafarnaum.