Jerome Murphy-O’Connor, irlandzki dominikanin, biblista, teolog katolicki, profesor École Biblique w Jerozolimie twierdzi, że obydwie budowle zostały zniszczone przed podbojem Palestyny przez Umara ibn al-Chattaba. Jego zdaniem prawdopodobna jest wersja wydarzeń, w której Żydzi, bezpośrednio po najeździe z 614 roku zyskali możliwość odwetu za doznane krzywdy i zburzyli kościół.
thumb|left|160px|Wykopaliska w miejscu obecnego Kościoła pielgrzymkowego św. Piotra, około 1980 roku
W 1838 roku amerykański podróżnik Edward Robinson odkrył starożytne ruiny na północnym brzegu Jeziora Tyberiadzkiego. Nie skojarzył on jednak odkrytych artefaktów z biblijnym Kafarnaum. Dopiero w 1866 roku brytyjski kapitan Charles William Wilson przeprowadził niewielkie prace archeologiczne i powiązał odkryte ruiny z miastem Jezusa. W 1894 roku franciszkański ojciec Giuseppe Baldi z Neapolu (Kustodia Ziemi Świętej) zdołał odkupić od Beduinów znaczną część tutejszej ziemi. Umożliwiło to Franciszkanom wybudowanie w kolejnych latach ogrodzenia, aby chronić ocalałe ruiny przed coraz częstszymi aktami wandalizmu. Aby utworzyć małą oazę dla pielgrzymów zasadzono palmy i drzewa eukaliptusowe sprowadzone specjalnie z Australii. Zbudowano także niewielką przystań na Jeziorze Tyberiadzkim i Klasztor Franciszkanów w Kafarnaum.