Sąsiednią parcelę wykupił Prawosławny patriarchat Jerozolimy (1/3 obszaru).
Pierwsze faktyczne wykopaliska archeologiczne zostały rozpoczęte w 1905 roku za sprawą Heinricha Kohla i Carla Watzingera. Były one kontynuowane przez franciszkańskich zakonników: Vendelina von Menden w latach 1905-1915 i w latach 1921-1926 przez Gaudentiusa Orfali'ego. Wykopaliska odkryły pozostałości dwóch budynków użyteczności publicznej, Białą Synagogę (częściowo odnowioną przez o. Orfali'ego) i ruiny ośmiobocznego kościoła z mozaiką podłogową i źródłem chrzcielnym. W 1968 roku, dzięki pomocy finansowej rządu włoskiego, wznowiono prace wykopaliskowe. Były prowadzone w latach 1968-1986 pod kierunkiem franciszkanów Virgilio Corbo i Stanislao Loffredy. Pod posadzką kościoła włoscy archeolodzy znaleźli pozostałości domu, nazwanego Domem św. Piotra. Kolejny etap prac był prowadzony w latach 2000-2003 przez o. Loffredę i zespół archeologów ze Studium Biblicum Franciscanum. W latach 1978–1982 wykopaliska były prowadzone także na terenach położonych na wschód od synagogi, które są we władaniu prawosławnego Patriarchatu Jerozolimy. Pracami kierował Vassilios Tzaferis. W 1931 roku wybudowano prawosławny monaster Dwunastu Apostołów w Kafarnaum.