Po kilku miesiącach badań sonda uruchomiła silniki jonowe, które pozwoliły jej na powrót na Ziemię, w czerwcu 2010. Kapsuła lądownika odłączyła się od Hayabusa w odległości około 400 tys. km. Podczas lądowania kapsuła została poddana przeciążeniu 25 g, a jej osłona termiczna nagrzewała się w tempie 30 razy większym, niż miało to miejsce w przypadku modułu dowodzenia Apollo. Na lądowisko wyznaczono obszar Woomera w Południowej Australii.
Znaczenie naukowe misji Obecna wiedza dotycząca minerałów budujących planetoidy opiera się głównie na próbkach meteorytów. Określenie rozmiaru planetoidy, z której pochodzi meteoryt jest bardzo trudne. Próbki dostarczone przez Hayabusa pozwolą na połączenie danych pochodzących z kosmicznych skał spadających na Ziemię z właściwościami planetoid krążących w Układzie Słonecznym.
Misja oraz współpraca niezbędna do jej sukcesu została doceniona przez gazetę Asahi Shimbun, która przyznała zespołowi projektowemu (reprezentowanemu przez Junichiro Kawaguchiego), środowiskom przemysłowym (reprezentowanym przez Shinjiego Haguno) i środowiskom akademickim (reprezentowanym przez Kazuo Tsuchiyamę) Nagrodę Asahi za 2010 rok.