Historia budowli Wykopaliska archeologiczne ujawniły, że w miejscu dzisiejszego kościoła na przełomie od I do IV wieku znajdowała się prywatna rezydencja mieszkalna - zapewne powstała ona na miejscu jeszcze starszych zabudowań. W IV wieku utworzono tutaj synagogę. W podłodze kościoła umieszczono szklaną taflę, przez którą można zobaczyć mozaikę właśnie z tego okresu. Widnieje na niej napis w języku aramejskim, wskazujący na fundatora synagogi. Mozaika znajdowała się pierwotnie w głównym holu synagogi. W okresie bizantyjskim, około V wieku synagoga została zburzona. W jej wschodniej części powstał wówczas bizantyjski grobowiec oraz niewielka chrześcijańska kaplica, której pozostałości znajdują się w kościelnej krypcie. W okresie krzyżowców wzniesiono kościół, nieznane są jednak daty jego wybudowania i zburzenia. Wiadomo, że około XIV wieku w tym miejscu wybudowano kolejny kościół. W 1551 roku Bonifacy z Raguzy zastał kościół w ruinie, a muzułmanie pokazywali pielgrzymom miejsce, w którym miał miejsce cud przemienienia.