W 1818 roku Liceum Krzemienieckie otrzymało rangę uczelni akademickiej, a Pawłowi Jarkowskiemu zaproponowano stanowisko profesora. Nauczając gramatyki powszechnej, pełnił nadal funkcję bibliotekarza. Z powodu szybkiego rozrastania się zbiorów biblioteki krzemienieckiej i przenoszenia jej do pomieszczeń Kolegium Bazyliańskiego, Jarkowski wyjechał do Krakowa i Warszawy, by zapoznać się z organizacją tamtejszych bibliotek. Po powrocie opracował księgozbiór, zachowując podział rzeczowy nadany bibliotece królewskiej przez Jana Chrzciciela Albertrandiego, jednocześnie rozbudował opisy książek, tworząc katalog systematyczny; na jego gruncie stworzył indeks alfabetyczny, przekształcony następnie w formę katalogu. Jarkowski, dla lepszego funkcjonowania biblioteki, stworzył cztery katalogi: systematyczny, alfabetyczny powszechny, alfabetyczny szczególny oraz rzeczowy.
W 1832 roku, po upadku powstania listopadowego, Liceum Krzemienieckie zostało zlikwidowane, a zbiory biblioteczne rok później przewieziono do Kijowa, gdzie stały się podstawą dla tworzonej biblioteki Uniwersytetu św. Włodzimierza. Do Kijowa wyjechał również Jarkowski, obejmując tam stanowisko bibliotekarza, które pełnił aż do śmierci.