Po zakończeniu wojny, 11 kwietnia 1865 roku, Lincoln stwierdził, że Afroamerykanom należy się nie tylko wolność, ale także ograniczone prawa obywatelskie.

Lincoln angażował się osobiście w sprawy wojskowe i strategiczne. 7 listopada 1862 roku zdymisjonował generała George’a McClellana, którego zastąpił Ambrose Burnside. Na początku 1863 roku, po klęsce pod Fredericksburgiem, Burnside został zastąpiony Josephem Hookerem. Pół roku później Hookera zastąpił George Meade. W dniach 1–3 lipca 1863 roku rozegrała się bitwa pod Gettysburgiem, która jest uznawana za największe starcie wojsk Unii i Konfederacji w czasie całej wojny secesyjnej. Po porażce generał Lee wycofał się do Richmond, natomiast prezydent nakazał generałowi Meade’owi, by ścigał wojsko Południa. Meade odmówił, twierdząc, że poniósł zbyt wielkie straty, co zdenerwowało prezydenta. 19 listopada Lincoln wygłosił przemowę gettysburską, w której oddał hołd poległym i stwierdził, że dokończenie ich dzieła spoczywa na barkach żywych. W tym samym czasie generał Ulysses Grant wyparł Konfederatów z Tennessee, po III bitwie pod Chattanoogą. Został za to awansowany na głównego dowódcę wojsk Unii, 12 marca 1864 roku.