Obecny wystrój wnętrza stanowi cząstkę pierwotnego wyposażenia, zniszczonego wkrótce po śmierci Karola IV, podczas wojen husyckich. Pośrodku znajdowały się relikwie patrona ukryte w wielkim relikwiarzu, do dziś niezachowanym, lecz dokładnie opisanym w XIV-wiecznych źródłach. Miał formę skrzyniową, a jego powierzchnię zdobiły szczerozłote plakiety ze scenami figuralnymi o charakterze chrystologicznym, apostolskim oraz odwołującymi się do żywota św. Wacława. Dekorację dopełniały liczne kamienie szlachetne. W miejsce pierwotnego ołtarza w XIX w. powstał nowy, dodano wtórnie gotyckie kamienne antependium z kaplicy Świętej Anny przy ambicie praskiej katedry. Pod trzema ostrołukowymi arkadami znalazły się figury (obecnie w znacznym stopniu skute) św. Anny Samotrzeć w asyście św. Zygmunta (?) oraz Burcharda, margrabiego magdeburskiego, który w 1358 r. ufundował ołtarz, z którego się zachowało to antependium. Wyżej, ponad malowanym przedstawieniem Grupy Ukrzyżowania, umieszczono naturalnej wielkości figurę św. Wacława przypisywaną Jindrichowi Parlerowi (siostrzeńcowi Piotra). Niewykluczone, że lokalizacja figury jest wtórna i mogła pierwotnie być umieszczona na zewnętrznej elewacji.