Witold Zajączkowski (ur. w Symferopolu, zm. 19 grudnia 1977 w Toronto) – komandor Polskiej Marynarki Wojennej.
Życiorys Urodził się w rodzinie architekta Bronisława (1860–1930) i Henryki z Choroszewskich (1873–1896). Po ukończeniu sześciu klas gimnazjum klasycznego w Symferopolu wyjechał w 1908 do Petersburga. Po zdaniu egzaminu konkursowego został przyjęty w poczet słuchaczy Korpusu Morskiego, po ukończeniu którego w 1913 został awansowany na miczmana (porucznika marynarki). Uzyskał przydział do 1 Dywizjonu Kontrtorpedowców 1 Dywizji Kontrtorpedowców Floty Bałtyckiej stacjonującego w Libawie. Podczas I wojny światowej służył na okrętach Floty Bałtyckiej a po rewolucji październikowej opuścił w styczniu 1918 rosyjską marynarkę wojenną. Krótko służył w estońskiej marynarce wojennej, w 1920 wyjechał do Warszawy. 30 stycznia 1921, na podstawie dekretu weryfikacyjnego Naczelnego Wodza, awansował na komandora podporucznika. W Departamencie dla Spraw Morskich otrzymał przydział do Kadry Marynarki Wojennej w Toruniu. Na przełomie 1921/1922 prowadził wykłady na Tymczasowych Kursach Instruktorskich w Toruniu, a po utworzeniu Oficerskiej Szkoły Marynarki Wojennej objął stanowisko dyrektora nauk i wykładowcy wiedzy okrętowej. Od 25 lutego 1927 do września 1939 dowódca Flotylli Rzecznej Marynarki Wojennej w Pińsku.