Jako że Johann Leopold von Hay znany był ze swoich reformatorskich poglądów dotyczących katolicyzmu, cesarz Józef II Habsburg nakazał mu prowadzenie kampanii informacyjnej dla kleru dotyczącej korzyści, jakie miał przynieść wydany w 1781 roku patent tolerancyjny. Sprawował także od 1782 roku funkcję komisarza do spraw monitorowania i wdrażania tego patentu w CzechachKurt. A. Huber, Johann Leopold von Hay, [w:] Erwin Gatz, Die Bischöfe des Heiligen Römischen Reiches 1648–1803, , s. 178..
W 1783 roku miała miejsce zmiana granic diecezji w Królestwie Czeskim dokonana przez cesarza Józefa II w wyniku której diecezja hradecka otrzymała od archidiecezji praskiej 141 nowych parafii. W 1787 roku udało mu się wybudować nowych gmach dla seminarzystów chcących wstąpić do stanu kapłańskiego w Hradcu Králové. Wcześniej w 1786 roku wyświęcił na księdza Josefa Dobrovskýego, który w późniejszym okresie przyczynił się do powstania czeskiego odrodzenia narodowegoConstantin von Wurzbach, Hay, Johann Leopold, [w: Biographisches Lexikon des Kaiserthums Oesterreich, tom 8, Verlag L. C. Zamarski, Wien 1862, s. 105–106.] [on-line] [dostęp 6.01.2015]..