Dorobek naukowy Zainteresowania badawcze Michała Pszczółkowskiego koncentrują się wokół historii architektury, szczególnie nowoczesnej (XX wiek). Publikował m.in. w „Informationen zur modernen Stadtgeschichte”, „Centropa. A Journal of Central European Architecture and Related Arts”, „Zapiskach Historycznych”, „Kwartalniku Historii Nauki i Techniki” i „Kwartalniku Architektury i Urbanistyki”, współredagował prace zbiorowe, m.in. cykl wydawniczy SHS „Zabytki toruńskie młodszego pokolenia” (20 tomów), zaś jego publikacje książkoweacademia.edu, to:
„Cztery strony Pałacyku. Wokół willi przy Czerwonej Drodze 8 w Toruniu”, Kujawsko-Pomorskie Centrum Dziedzictwa, Toruń 2025 „Czterdzieści miast-ogrodów. Dzieje budowy i architektura kolonii urzędniczych na ziemiach wschodnich II Rzeczypospolitej 1924-1925”, Narodowy Instytut Polskiego Dziedzictwa Kulturowego za Granicą „Polonika”, Warszawa 2025 „Lwów między wojnami. Opowieść o życiu miasta 1918-1939”, Księży Młyn Dom Wydawniczy, Łódź 2024 „Toruńska kamienica czynszowa w latach 1850–1914”, Towarzystwo Naukowe w Toruniu, Toruń 2021 „Dwanaście kryształowych orłów.