Ochrona przyrody thumb|250px|Kanał Sobieskiego - zastawka z budzącą kontrowersje kładką. thumb|250px|Kanał Sobieskiego widziany ze ścieżki w parku (rezerwacie) Morysin. thumb|250px|Kanał Sobieskiego. Po drugiej stronie park Morysin. thumb|250px|Przewrócone drzewo w wodzie. W widłach Kanału Sobieskiego oraz Wilanówki znajduje się rezerwat przyrody Morysin, którego granice obejmują wody kanału, a otulina sięga daleko za lewy brzeg. Kanał ten położony jest również na terenie Warszawskiego Obszaru Chronionego Krajobrazu (Dz. Urz. Woj. Maz. Nr 42/14.02.2007 r., poz. 870).
Długo po wybudowaniu zastawki na Kanale Sobieskiego powstała na niej nielegalna metalowa kładka służąca oczyszczaniu z gromadzących się na zastawce zanieczyszczeń oraz jej konserwacji. Budzi ona kontrowersje, ponieważ stwarza zagrożenie „penetracji terenu” rezerwatu, jest miejscem którym wchodzą na obszar chroniony grzybiarze i złodzieje drewna.