Do 1999 roku liczba śmiertelnych ofiar konfliktu sięgnęła 200 tys., z czego zdecydowaną większość stanowili cywile. Blisko 300 tys. mieszkańców Burundi było zmuszonych uciec za granicę, a kolejnych 600 tys. uznawanych było za uchodźców wewnętrznych.
Negocjacje pokojowe w latach 1998–2000 31 lipca 1996 przywódcy siedmiu państw wschodniej i centralnej Afryki, zgromadzeni na regionalnym szczycie w tanzańskiej Aruszy, podjęli decyzję o nałożeniu sankcji ekonomicznych na Burundi (powściągliwe stanowisko zajęła tylko Rwanda, rządzona już wówczas przez Tutsi). Decyzję tę poparła Organizacja Jedności Afrykańskiej. Sankcje objęły m.in. szereg artykułów pierwszej potrzeby, w tym paliwa, oraz uderzyły w burundyjskie linie lotnicze, co w konsekwencji znacznie osłabiło gospodarkę Burundi. Owa polityka była krytykowana przez liczne organizacje pozarządowe, wskazujące, iż skutki sankcji uderzają przede wszystkim w ubogą ludność wiejską, a kapitał polityczny zbijają na nich ekstremistyczne ugrupowania Hutu. Niemniej zdaniem René Lemarchanda prezydent Buyoya w innym wypadku nie zgodziłby się tak szybko na polityczne ustępstwa – m.in.