W 1998 został zwolniony z tego stanowiska, po czym pracował jako felietonista The Observer i The Express.
Kariera telewizyjna Marr dołączył do stałego zespołu BBC w maju 2000, po okresie wcześniejszej współpracy w charakterze zewnętrznego autora filmów dokumentalnych. Objął stanowisko szefa działu politycznego, które zajmował do wyborów w 2005 roku. Następnie został prezenterem porannego programu politycznego w BBC, początkowo zatytułowanego Sunday AM, a od 2007 po prostu The Andrew Marr Show. Audycja ta zastąpiła w ramówce emitowany o tej porze przez dwanaście poprzednich lat autorski program Davida Frosta. Od 2007 prowadzi też magazyn Start the Week w BBC Radio 4. W wyniku wewnętrznego przecieku w BBC, w 2011 ujawniono, iż kontrakt Marra przewidywał wówczas wynagrodzenie w wysokości ok. 580 tysięcy funtów rocznie.
Filmy i seriale dokumentalne Oprócz pracy związanej z obsługą bieżących wydarzeń politycznych, Marr nadal regularnie realizuje dla BBC filmy i seriale dokumentalne. rok emisjitytułliczba odcinkówtematyka2000The Day Britain Died 3zagrożenie rozpadem Zjednoczonego Królestwa na skutek narastania nacjonalizmów2002Great Britons: Charles Darwin1biografia Karola Darwina2006The Queen at 801okolicznościowy dokument z okazji 80.