Torfowiska i bagna ustąpiły miejsca łąkom i pastwiskom, a łozowska znacznie zmniejszyły swój areał.
W latach 70. XIX w. władze pruskie opracowały szczegółowe projekty kanalizacji górnej Noteci od jeziora Gopło do Kanału Bydgoskiego. W latach 1878–1882 wykonano Kanał Górnonotecki przystosowany do żeglugi barek do 150 ton. Powstały nowe śluzy, przekopy i obejścia m.in. Kanał Łabiszyński. W Dębinku powstał wodny węzeł rozrządowy przyjmujący wodę z Kanału Górnonoteckiego oraz Noteci (Kanału Nowonoteckiego) i rozdzielający ją w sposób umożliwiający regulację do kanału zasilającego Kanał Bydgoski oraz starego koryta Noteci kierującego się w stronę Rynarzewa.
W kolejnych latach na Nowym Kanale Noteckim dokonywano doraźnych prac konserwujących, służących spełnianiu przez ciek funkcji regulacyjnej i melioracyjnej.
Walory przyrodnicze i krajobrazowe Nowy Kanał Notecki przepływa po wschodniej stronie rezerwatu przyrody Dziki Ostrów w pobliżu Brzozy, gdzie ochronie podlega dąbrowa świetlista. Około 1 km od Chmielnik nad Kanałem znajduje się pałacyk myśliwski Skórzewskich wpisany do rejestru zabytków województwa kujawsko-pomorskiego. Na odcinku kilku kilometrów po obu jego stronach znajduje się Obszar Chronionego Krajobrazu Łąk Nadnoteckich (1165 ha).