Istotne znaczenie ma wysoki poziom enzymów neutralizujących potencjalnie rakotwórcze substancje, w tym benzopiren, obecny w dymie papierosowym oraz grillowanym i konserwowanym jedzeniu, metabolizowany przez hydroksylazę benzopirenu. W tym narządzie, w porównaniu do jelita grubego, powstaje mniej reaktywnych form tlenu. Ważnym elementem chroniącym jelito cienkie przed karcynogenezą są immunoglobuliny A (IgA).
thumb|Polip w jelicie cienkim w zespole Peutza-Jeghersa Czynnikami ryzyka choroby są: gruczolak jelita cienkiego – prawdopodobnie, podobnie jak w jelicie grubym, gruczolak jest prekursorem gruczolakoraka. Występuje duże ryzyko przejścia gruczolaków kosmkowych do gruczolakoraka, nawet 40% z gruczolaków kosmkowych może okazać się zmianami złośliwymi.
zespół Peutza-Jeghersa – zespół jest związany ze zwiększoną częstością występowania hamartomatycznych polipów jelita oraz aż 520-krotnym zwiększonym ryzykiem gruczolakoraka jelita cienkiego.
rodzinna polipowatość gruczolakowata (FAP) – mutacja w genie APC powoduje powstawanie mnogich gruczolaków, które występują u 50–90% chorych, u 3–5% chorych może rozwinąć się gruczolakorak w obrębie jelita cienkiego.