W 1999 metropolia Besarabii ponownie otrzymała odmowną odpowiedź na wniosek o rejestrację, zaś 2001 Europejski Trybunał Praw Człowieka przyjął jej skargę do rozpatrzenia.
W grudniu 2001 Europejski Trybunał Praw Człowieka nakazał Republice Mołdawii zezwolenie na legalne działanie metropolii Besarabii oraz zasądził na jej rzecz 20 tys. euro zadośćuczynienia i zwrot kosztów sądowych. Rejestracja metropolii nastąpiła 30 lipca 2002. Metropolia Besarabii stara się o uznanie za sukcesorkę przedwojennej rumuńskiej metropolii (do 2001 za takową uważano eparchię Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego), a w konsekwencji – zwrot obiektów sakralnych, które przed 1941 należały do Rumuńskiego Kościoła Prawosławnego, a następnie zostały przekazane w inną jurysdykcję lub skonfiskowane przez państwo.
W 2007 w ramach metropolii Besarabii ustanowione zostały trzy nowe eparchie.