Misja kanoniczna (łac. missio canonica) – uprawnienie wydane konkretnej osobie do udziału w nauczającym, uświęcającym i pasterskim zadaniu Kościoła. W nauczaniu soboru watykańskiego II oznacza powierzenie pewnych funkcji w Kościele świeckim.
Podstawy prawne W kodeksie prawa kanonicznego z 1917 urząd kościelny wiązał się z udziałem w hierarchii Kościoła. Soborowy dekret Presbyterorum ordinis odszedł od takiego rozumienia, określając funkcję kościelną jako „każdy obowiązek powierzany na sposób stały celem realizowania duchowego dobra” (PO 20). To spowodowało, że nowy kodeks prawa kanonicznego uwzględnił powierzenie odpowiednio przygotowanym świeckim pewnych funkcji w Kościele. Powierzenie takie polega na włączeniu do urzędów kościelnych (officia ecclesiastica) i zadań (munera), które według przepisów świeccy mogą wypełnić (kan. 228).
Misja kanoniczna do wykładania na uczelniach wyższych Kan. 812 stanowi, iż „we wszystkich wyższych instytutach nauczyciele przedmiotów teologicznych muszą mieć zlecenie (mandatum) kompetentnej władzy kościelnej”. Mandatum nie jest udzieleniem jakiegoś szczególnego prawa, a publicznym zaświadczeniem o wspólnocie nauczyciela z Kościołem oraz zgodności jego doktryny z doktryną Urzędu Nauczycielskiego.