Z powodu nieprzychylnej reakcji społeczności międzynarodowej, groźby wybuchu otwartej wojny domowej oraz braku poparcia ze strony umiarkowanej części elit Tutsi, puczyści już po kilku dniach byli zmuszeni oddać władzę nowemu rządowi cywilnemu. Umiarkowani politycy Hutu i Tutsi zdołali wówczas chwilowo powstrzymać wybuch konfliktu na pełną skalę. Nieudany pucz oraz wzajemne rzezie na tle etnicznym zniszczyły jednak rodzący się międzyetniczny konsensus oraz trwale zdestabilizowały państwo. Mimo prób znalezienia pokojowego rozwiązania konfliktu, podejmowanych w latach 1993–1996, sytuacja polityczna w Burundi stale się pogarszała, co doprowadziło ostatecznie do wybuchu otwartej wojny pomiędzy zdominowaną przez Tutsi armią a partyzanckimi ugrupowaniami Hutu. Do 1999 roku liczba śmiertelnych ofiar konfliktu sięgnęła 200 tys., z czego zdecydowaną większość stanowili cywile. Blisko 300 tys. mieszkańców Burundi było zmuszonych uciec za granicę, a kolejnych 600 tys. uznawanych było za uchodźców wewnętrznych.