Tymczasem RPA, która de facto objęła już wówczas funkcję głównego mediatora w burundyjskim konflikcie, nie szczędziła wysiłków, aby doprowadzić do powrotu obu stron do stołu negocjacyjnego. Wkrótce udało się osiągnąć porozumienie w kwestiach z zakresu bezpieczeństwa i spraw wojskowych; trudniejsze okazały się negocjacje w sprawie warunków przystąpienia CNDD-FDD do koalicji rządowej. Podczas negocjacji toczących się w południowoafrykańskiej Pretorii uzgodniono treść protokołu precyzującego liczbę stanowisk, które przypadną przedstawicielom CNDD-FDD w parlamencie, egzekutywie, armii i służbach bezpieczeństwa (8 października 2003), a także treść dwóch protokołów odnoszących się m.in. do kwestii reformy armii i służb bezpieczeństwa, demobilizacji bojowników CNDD-FDD oraz ich integracji z państwowymi strukturami siłowymi (2 listopada 2003). Ostatecznie 16 listopada 2003 w tanzańskim Dar es Salaam przedstawiciele rządu Burundi oraz CNDD-FDD podpisali finalne porozumienie pokojowe (ang. Global Ceasefire Agreement).