Komunistyczne władze zmusiły siostry Niepokalanki do opuszczenia miasta; pozostała tylko s. Eleonora, która nie chciała opuścić ciężko chorego dziekana Zienkiewicza. Opiekowała się nim aż do jego śmierci w 1951 r., po czym została zmuszona do wyjazdu. Proboszczem został następnie ks. Franciszek Piarko, a w 1959 r. marianin ks. Józef Frąckiewicz, były więzień gułagu.
Proboszcz ks. Władysław Zawalniuk rozpoczął generalny remont kościoła. W 1987 r. sakramentu bierzmowania udzielił biskup włocławski Roman Andrzejewski. W latach 1989–1991 parafia leży w diecezji mińskiej, w latach 1991-1999 archidiecezji mińsko-mohylewskiej, a od 1999 r. w diecezji witebskiej. 11 czerwca 1991 r. miało miejsce nawiedzenie głębockiej świątyni przez relikwie bł. Bolesławy Lament.
Prace remontowe przy kościele kontynuował ks. Cyryl Klimowicz, obecnie biskup ordynariusz największej pod względem terytorialnym diecezji na świecie – irkuckiej. Jako proboszcz rozpoczął budowę nowego klasztoru dla Sióstr Franciszkanek Rodziny Maryi, które od 1990 roku znajdowały się w Głębokiem. mały|Klasztor Franciszkanek Rodziny Maryi przy ul. Sowieckiej