Połowa lat 30. była dla artystki trudnym okresem, w którym nie otrzymywała zamówień. Stryjeńska nie umiała i nie chciała zabiegać o uznanie. Nie przepadała za sprawującą rządy w kraju sanacją, nie związała się też z żadnym z nowo powstałych ugrupowań artystycznych ani politycznych.
Doprowadzona brakiem pieniędzy do rozpaczy, sprzedała kilka obrazów lichwiarzom. Dopiero w 1938 roku otrzymała kilka zamówień z Ministerstwa Spraw Zagranicznych, m.in. na kilim dla cesarza Japonii Hirohito. Wzięła udział w dekoracji wnętrz polskich statków pasażerskich: MS Batory i MS Piłsudski. Wykonała również dekorację sali w cukierni E. Wedla w Warszawie. Znowu też zaczęto kupować jej obrazy o tematyce słowiańskiej i historycznej.
Okupację artystka spędziła w Krakowie. Gdy na początku 1945 roku do miasta wkroczyli Rosjanie, Stryjeńska podjęła decyzję o wyjeździe z PolskiBlask i nędza życia Zofii Stryjeńskiej.. Po długich perypetiach dotarła do Szwajcarii, gdzie była już jej córka, a później trafili też obaj synowie. Usiłowała wyjechać do Stanów Zjednoczonych: ubiegała się o pomoc Fundacji Kościuszkowskiej, jednak Rada Nadzorcza Fundacji odmówiła jej prośbom. Żyła w Genewie nadzwyczaj skromnie, z reguły odmawiając przyjęcia pomocy nawet swoim synom. Uczuciowo związana z Polską i polską kulturą, nie potrafiła się odnaleźć w obcym kraju.