Rok później z terytorium eparchii wydzielono obszar na lewym brzegu Dniestru, który włączono do eparchii chersońskiej.
Funkcjonowanie eparchii w latach 1844–1871 Podczas sprawowania urzędu arcybiskupa kiszyniowskiego przez kolejnego władykę, Irynarcha (1844–1858), eparchia została ostatecznie – wbrew intencjom jej współtwórcy metropolity Gabriela – zreorganizowana na wzór analogicznych jednostek Cerkwi rosyjskiej, tracąc tym samym autonomię. Irynarch zainicjował również budowę szeregu nowych świątyń. W 1858 r. eparchia zaczęła wydawanie oficjalnej gazety, w językach rumuńskim i rosyjskim.
Następca Irynarcha na katedrze, arcybiskup Antoni, przeprowadził kolejną reformę administracyjną eparchii, dzieląc ją na 35 mniejszych dekanatów. Dokonano również klasyfikacji parafii według liczby wyznawców, wzniesiono od podstaw lub gruntownie wyremontowano 300 świątyń, w tym w monasterach Condrița, Vărzărești i Curchi. Przy cerkwiach tworzył biblioteki. W 1864 r. w Kickanach nad Dniestrem erygowany został monaster Nowy Neamț, założony przez mnichów, którzy opuścili klasztor Neamț w Mołdawii. Stał się on jednym z najważniejszych centrów życia mniszego w BesarabiiMănăstirea Înălțărea Domnului Noul Neamț Chițcani – Свято-Вознесенский Ново-Нямецкий Кицканский монастырь – 150 ani * лет (1864–2014), Editura Mănăstirii Noul Neamț „Cuv.