W 1891 r. przeniesionego do eparchii chersońskiej Sergiusza zastąpił na katedrze biskup Izaak, który sprawował urząd tylko przez rok. Po nim władyką kiszyniowskim w latach 1892–1898 był Neofit. Kolejnym hierarchą na urzędzie był biskup Jakub. Pod jego kierunkiem Cerkiew prawosławna w Besarabii również nie prowadziła już szczególnie intensywnych działań rusyfikatorskich. Biskup Jakub uzyskał zgodę Świętego Synodu na drukowanie broszur i książek religijnych w języku mołdawskim (rumuńskim), m.in. na druk monumentalnego zbioru żywotów świętych. W Kiszyniowie utworzył bractwo misyjne Narodzenia Pańskiego. Jakub charakteryzowany jest jako oddany i zaangażowany w swoją posługę duszpasterz, z drugiej strony zarzuca mu się, że nie tylko nie starał się walczyć z antyżydowskimi nastrojami w Besarabii, ale sam podżegał do pogromu w Kiszyniowie w 1903 r. Rok po tych wydarzeniach został przeniesiony na inną katedrę.