Woyczyński był wieloletnim przyjacielem marszałka. Zamieszkiwał przy Alejach Ujazdowskich w Warszawie, przebywając w jego otoczeniu. Woyczyński wykazywał zaniepokojenie stanem zdrowia Piłsudskiego, a konkretnie wątroby. 12 kwietnia 1935 roku, miesiąc przed śmiercią Piłsudskiego, ustąpił z funkcji lekarza przybocznego. Odejście ze stanowiska miało się wiązać z kontaktami jego żony z przedstawicielami ruchu komunistycznego (Stefania Sempołowska, Wanda Wasilewska) oraz zachodzącym podejrzeniem infiltracji Woyczyńskich przez wywiad sowiecki bądź nawet współpracy z nim. Z dniem 31 sierpnia został przeniesiony w stan spoczynkuDziennik Personalny Ministerstwa Spraw Wojskowych Nr 10 z 4 lipca 1935 roku, s. 101..
Marcin Woyczyński był żonaty z Ludwiką z Karpińskich (1872–1937), która była doktorem psychologii.
Pochowany na Cmentarzu Wojskowym na Powązkach (kwatera A 19-4-25).